Nautica Fennica on Museoviraston kanssa julkaistava Suomen merimuseon vuosikirja, josta yhdistyksellä on toimitusvastuu. Maamme ainoa tieteellinen merihistorian julkaisu sai vuonna 2015 Julkaisufoorumin luokituksen tasolla 1. Vuosien saatossa kehittyneen ja tihentyneen sarjan ensimmäisen osan julkaisusta on jo neljäkymmentä vuotta. Viimeisin kirja Merihistoria ja elämäkerrat ilmestyi joulukuussa 2023. Kirjan toimittivat Pirita Frigren ja Mikko Aho. 
 
Nautica Fennica on vertaisarvioitu julkaisu, ja siihen tarjotut käsikirjoitukset lähetetään tarkastettavaksi vähintään kahdelle anonyymille tarkastajalle. Lopullisen julkaisupäätöksen tekee asiantuntijoista koostuva toimituskunta vertaisarvioinnin lausuntojen perusteella.
 
Toimituskunnan puheenjohtaja on professori emeritus Yrjö Kaukiainen ja jäsenet filosofian tohtori Anne Ala-Pöllänen, sotatieteiden tohtori Ove Enqvist, filosofian tohtori Minna Koivikko, Doctor of Philosophy Sari Mäenpää ja dosentti Pirita Frigren.
 
Vuosien 1969–2023 välillä julkaistut numerot nyt avoimesti saatavilla Journal.fi -alustalla! https://journal.fi/nauticafennica/issue/archive
 
Merihistoria ja elämäkerrat
Mikko Aho & Pirita Frigren
2023
158 s.
978-951-616-312-6
1235-9122
Nautica Fennica 2023 tarjoaa kahdeksan vertaisarvioitua artikkelia, joissa tutkitaan merihistoriaa elämäkertojen näkökulmista. Elämänvaiheiden kuvaukset esittelevät ihmisiä, esineitä, paikkoja ja aluksia aina 1700-luvun jälkipuoliskon Helsingin merikapteeneista vuonna 2022 Turku-Ahvenanmaa-Tukholma - reitiltä 33 vuoden jälkeen poistettuun m/s Amorellaan työpaikkana- ja yhteisönä.
Merenkulun riskit ja resurssit
Kirsi Keravuori ja Sari Mäenpää
2020
157 s.
978-951-616-304-1
2243-1357
Nautica Fennica 2020 avaa seitsemän näkökulmaa merenkulkuun 1700-luvulta nykypäivään. Merenkulkuun alati liittyviä riskejä ja menestyksekkään toiminnan edellyttämiä resursseja tarkastellaan helsinkiläisten haaksirikkotavaran huutokauppojen, aarrelaivana tunnetun Borstö I-hylyn sekä Titanicin ympärille kasvaneen myytin kautta. Merimieselämän suuria riskejä ovat olleet tapahturmat, kulkutaudit ja kuolema merellä.
Nautica Fennica 2018: Suomi saarena (kansikuva)
Suomi saarena
Tapio Bergholm
2019
160 s.
978-951-616-297-6
1235-9122
Suomen merimuseon ja Suomen merihistoriallisen yhdistyksen julkaisema Nautica Fennica 2018 - Suomi saarena tarkastelee nimensä mukaisesti vanhaa iskulausetta "Suomi on saari" useista merihistoriallisista lähtökohdista käsin. Teeman historiallinen tutkimus ja arkeologinen tarkastelu avaavat väitteeseen uusia ja kiinnostavia näkökulmia.
Työ merellä
Tapio Bergholm
2016
192 s.
978-951-616-278-5
1235-9122
Merimiehen ja -naisen työ nähdään usein joko romantisoituna seilaamisena eksoottisilla vesillä tai tauottomana raatamisena. Uusi Nautica Fennica -julkaisu pohtii merityötä eri näkökulmista. Mukana on artikkeleita, jotka kuvaavat työtä merellä menneillä vuosisadoilla ja tänä päivänä, miesten ja naisten kuvaamana sekä suomalaisesta ja kansainvälisestä näkökulmasta.
Moni-ilmeinen merihistoria
Tapio Bergholm ja Sari Mäenpää
2014
152 s.
978-951-616-253-2
1235-9122
Suomen merimuseon ja Suomen merihistoriallisen yhdistyksen julkaisema Nautica Fennica 2013-2014 - Moni-ilmeinen merihistoria tuo esiin monipuolisen kirjon uusia näkökulmia merihistoriaan. Kirjan artikkelit perustuvat tuoreeseen tutkimustietoon ja niiden aihepiirit vaihtelevat Porin Reposaaren kalliohakkauksista parkkilaiva Helioksen rahtimatkoihin ja turkulaisten pursiseurojen toiminnasta suomalaisten merimiesten kuvaan kirjallisuudessa.