Nautica Fennica on Museoviraston kanssa julkaistava Suomen merimuseon vuosikirja, josta yhdistyksellä on toimitusvastuu. Maamme ainoa tieteellinen merihistorian julkaisu sai vuonna 2015 Julkaisufoorumin luokituksen tasolla 1. Vuosien saatossa kehittyneen ja tihentyneen sarjan ensimmäisen osan julkaisusta on jo neljäkymmentä vuotta. Viimeisin kirja ilmestyi joulukuussa 2020 nimellä ”Merenkulun riskit ja resurssit" (Helsinki 2020, ISBN: 978-951-616-304-1).
Nautica Fennica on vertaisarvioitu julkaisu, ja siihen tarjotut käsikirjoitukset lähetetään tarkastettavaksi vähintään kahdelle anonyymille tarkastajalle. Lopullisen julkaisupäätöksen tekee asiantuntijoista koostuva toimituskunta vertaisarvioinnin lausuntojen perusteella.
Toimituskunnan puheenjohtaja on professori emeritus Yrjö Kaukiainen ja jäsenet filosofian tohtori Anne Ala-Pöllänen, sotatieteiden tohtori Ove Enqvist, filosofian tohtori Kirsi Keravuori, filosofian tohtori Minna Koivikko, Doctor of Philosophy Sari Mäenpää, professori Jari Ojala sekä filosofian tohtori Tytti Steel.